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allpath-LG 是目前bioinformatics裡認為最好的de novo assembler tool，雖然他的組裝結果很好，但是其input的限制很大，一定要有兩組paired-end，一組為一定要有overlap，另一組則要mate-paired，才能執行allpath-LG。
其中input還需要兩個檔案，一個為in_group.csv，一個為in_lib.csv，目前曾經碰到的問題是在這兩個檔案的格式裡，要注意他是以逗號分隔，但是最後一個選項是沒有逗號的！！！
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